مقدمه: عفونت با سویه‌های مولد شیگا توکسین اشریشیاکلی(STEC) علاوه بر ایجاد اسهال با عوارض وخیم ومرگ آوری چون سندروم اورمی‌همو لیتیک(HUS) همراه است. این در حالی است که روشهای تشخیصی این باکتریها مشکل بوده و اطلاع دقیقی از میزان بروز بیماری در ایران نیست.این مطالعه با هدف بررسی سویه‌های مولد شیگا توکسین اشریشیا کلی جدا شده از نمونه‌های ادرار و مدفوع به روش PCR در مبتلایان، انجام گرفت. مواد و روش ها: در این مطالعه که یک پژوهش بنیادی-کاربردی است، از بین 500 نمونه‌های جمع آوری شده 100 نمونه که با تستهای فیزیولوژیک بیشترین امکان وجود انواع O157 درآنها وجود داشت، انتخاب شد وپس از استخراج DNA از کلنی های E.coliحاصل از کشت،واکنش Multiplex PCR برای ژنهای stx2 وstx1 انجام گرفت و محصول آن بر روی ژل آگارز الکتروفورز گردید و پس از رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: در بین 100 سویه جدا شده (مشکوک بهSTEC) تنها 3 مورد (3 درصد کل نمونه‌ها) از نظر ژنstx مثبت بودند که هر سه مورد مربوط به سویه‌های stx2 بود. دو مورد آن مربوط به نمونه مدفوع ویک مورد مربوط به نمونه ادرار بود. نتیجه گیری: اگر چه ظاهراّ شیوع عفونت با سویه‌های STEC درایران بالا نیست؛ اما به دلیل بروز عوارض وخیمی چون HUS و کولیت هموراژیک از یک سو وعدم شناسایی این سویه‌ها با روش های مرسوم در آزمایشگاه‌های کشور از سوی دیگر، بکارگیری روشهای مولکولی به منظور شناسایی موارد مشکوک،حداقل در مراکز طبی کودکان، ضروری به نظر می‌رسد.