scientific magazine yafte

fa بررسی تنوع ژنتیکی موجود در مولکول‌های کلیدی سیستم تشخیص الگو ( گیرنده‌های شبه‌تول دو و چهار) در نمونه های سرطان معده Genetic Diversity in Key Molecules of Pattern Recognition Receptors (TLR4 and TLR2) in Gastric Cancer عفونی عفونی پژوهشي اصیل Original Research <table align="right" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" dir="rtl" style="width:595px;border-collapse:collapse;margin-left:6.75pt;margin-right:6.75pt;" width="596"> <tbody> <tr style="page-break-inside:avoid;height:1px;"> <td style="width: 595px; padding: 0in 5.4pt; height: 1px; vertical-align: top; text-align: justify;">مقدمه: سرطان معده دومین بدخیمی شایع و عامل اصلی مرگ و میر در کشور است. با در نظر گرفتن آمار جهانی این ارقام بسیار نگران کننده بوده و اهمیت مطالعات در حوزه سرطان معده را برجسته می‌کند. از آنجایی که سال‌هاست نقش التهاب مزمن در ایجاد سرطان به خصوص سرطان‌های مرتبط با عفونت مانند سرطان معده مشخص شده است، تمرکز بر مولکول‌های دخیل در این فرآیندها می‌تواند راهگشا باشد. در این میان Toll-like-receptors (TLRs) بزرگترین خانواده گیرنده الگوهای مولکولی مرتبط با التهاب بوده و تاثیر جهش‌های ایجاد شده در TLR2 و TLR4 در پاتولوژی سرطان معده مشخص شده است. با در نظر گرفتن مطالعات پیشین و نقش عمده TLR4 و TLR2 در فرآیندهای التهابی پیش بدخیمی، در این مطالعه نیز در دو مرحله‌ی آزمایشگاهی و بیوانفورماتیکی به بررسی جهش موجود در توالی ژن های مذکور و ارتباط آن با سرطان معده پرداخته شده است.</td> </tr> <tr style="page-break-inside:avoid;height:1px;"> <td style="width: 595px; padding: 0in 5.4pt; height: 1px; vertical-align: top; text-align: justify;">مواد و روش ها: در این مطالعه تعداد 30 نمونه بافت سرطان معده آلوده به هلیکوباکترپیلوری جمع آوری شد و  پس از استخراج DNA، با استفاده از روش‌های تعیین توالی سنگر و پیش بینی بیماری توسط SIFT، PolyPhen وضعیت پاتوژنی آنها بررسی شد. همچنین توسط PyMOL مدل سازی سه بعدی رسپتور- لیگاند (قبل و بعد از جهش) انجام شد.</td> </tr> <tr style="page-break-inside:avoid;height:1px;"> <td style="width: 595px; padding: 0in 5.4pt; height: 1px; vertical-align: top; text-align: justify;">یافته ها:  داده‌ها جهش هتروزیگوتc.1061A>G  در اگزون سوم ژن کد کننده‌ی TLR4 را نشان دادند. با مدل سازی سه بعدی پروتئین مربوطه دارای این جهش نیز مشخص شد که ناحیه‌ی متأثر از جهش خارج از منطقه‌ی میانکش گیرنده مورد بررسی با  LPS بوده و بنابراین پاتوژن نمی‌باشد.</td> </tr> <tr style="page-break-inside:avoid;height:1px;"> <td style="width: 595px; padding: 0in 5.4pt; height: 1px; vertical-align: top; text-align: justify;">بحث و نتیجه گیری: در مجموع نتایج این پژوهش نشان داد که جهش های اتفاق افتاده بر روی دو ژن مهم سیستم تشخیص الگو در نمونههای سرطانی ایران ارتباط عملکردی با این دو پروتئین نداشته است.  </td> </tr> </tbody> </table> <div style="clear:both;"></div> <div style="text-align: justify;">Background: Gastric cancer (GC) is the second most common malignancy and the leading cause of death in Iran.. According to global statistics, these figures are highly worrying highlighting the importance of studies in this field. Given that the role of chronic inflammation in the development of cancer, especially infection-related cancers, such as GC, has been revealed for many years, evaluating the molecules involved in these processes can be helpful. Toll-like-receptors (TLRs) as the greatest family of receptors for inflammation-associated molecular patterns, and the effect of mutations in TLR2 and TLR4 on the pathology of GC has been identified. Considering the results of previous studies and the major role of TLR2 and TLR4 in inflammatory processes of pre-malignancy, in this study, the mutation in the sequence of these genes and its association with GC have been investigated in both laboratory and bioinformatics stages. Materials and Methods: In this study, 30 Helicobacter pylori-positive GC samples were collected and after DNA extraction using Sanger sequencing methods, and subsequently, variant pathogenicity predictions, such as SIFT and PolyPhen, mutation pathogenicity was predicted. Following that, PyMOL was applied to model 3D structures of the wild and mutated receptor. Results: Sanger sequencing data showed a heterozygous mutation in exon 3 of TLR4 c.1061A>G. The modeling crystal structure of the human receptor and LPS complex showed that the variant was far from the TLR4 binding sites with its ligand. Conclusion: The results of this study indicated that mutations in two important genes of the pattern recognition system in Iranian cancer samples have no functional relevance with these two proteins.</div> سرطان معده, التهاب, هلیکوباکترپیلوری, پلیمورفیسم, TLRs Gastric cancer, Helicobacter pylori, Inflammation, Polymorphism, TLRs 65 79 http://yafte.lums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3142-2&slc_lang=fa&sid=1 Saeed Zargari سعید زرگری saeedzargari206@yahoo.com 7200319475328460024536 7200319475328460024536 No Department of Biology, Hamedan Branch, Islamic Azad University, Hamedan, Iran گروه زیست شناسی، واحد همدان، دانشگاه آزاد اسلامی، همدان، ایران Abbas Bahari عباس بهاری bahari@znu.ac.ir 7200319475328460024537 7200319475328460024537 Yes Research Institute of Modern Biological Techniques, University of Zanjan, Zanjan, Iran پژوهشکده فناوری های نوین زیستی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران Mohammad tagi Goodarzi محمد تقی گودرزی mtgoodarzi@yahoo.com 7200319475328460024538 7200319475328460024538 No Department of Biochemistry, Shahrood Branch, Islamic Azad University, Shahrood, Iran گروه بیوشیمی، واحد شاهرود، دانشگاه آزاد اسلامی، شاهرود، ایران Minoo Mahmoodi مینو محمودی minoomahmoodi@yahoo.com 7200319475328460024539 7200319475328460024539 No Department of Biology, Hamedan Branch, Islamic Azad University, Hamedan, Iran گروه زیست شناسی، واحد همدان، دانشگاه آزاد اسلامی، همدان، ایران Reza Valadan رضا ولدان valadan.reza@gmail.com 7200319475328460024540 7200319475328460024540 No Molecular and Cell Biology Research Center, Department of Immunology, School of Medicine, Mazandaran University of Medical science, Mazandaran, Iran مرکز تحقیقات بیولوژی مولکولی و سلولی، گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، مازندران، ایران